Pengurus Yayasan ini ditetapkan melalui Akte Notaris KOSWARA pada tanggal 6 Juli 1981, dengan struktur organisasi di bawah ini:
| Ketua Umum | H. Iskak Buchori |
| Ketua I | K.H. Drs. Muchtar Adam |
| Ketua II | H. Rachmat Mudjo Soewarsono |
| Ketua III | H. S. Rukmaya |
| Sekretaris | Sofwandi |
| Bendahara | Endang Suryadi |
| Pembantu Umum | H. Achmad Umar H. Muhammad Dede Suhana Muhammad Saleh Sofyan Muhammad Gaos Muhammad Noor Danubrata |
Perubahan Pengurus Yayasan Babussalam kali pertama yaitu pada tahun 1989 yang dikukuhkan melalui Akte Notaris KOSWARA pada tanggal 20 September 1989 No. 71 dengan Susunan Badan Pengurus sebagai berikut:
| Ketua | K.H. Drs. Muchtar Adam |
| Wakil Ketua | Ir. Muhammad Haitami |
| Sekretaris | Agus Karna |
| Wakil Sekretaris | Eko Slamet Riyadi |
| Bendahara | Ir. Jeje Slamet Raharjo |
| Wakil Bendahara | Ir. Dani Septiadi |
Badan Pengawas Yayasan Babussalam:
| Ketua | H. Ishak Buchori |
| Anggota | H. Rachmat Moejo Soewarso H. Endang suryadi |
Perubahan yang kedua yaitu terjadi pada tahun 1994 yang dikukuhkan melalui Akte Notaris KOSWARA tanggal 24 Mei 1994 No. 71.
| Badan Pengawas | Prof. Dr.H. Sri Soemantri M, SH. (Ketua) Prof. Dr.H. Ahmad Amiruddin (Anggota) Dr. H. Achmad Sulaeman (Anggota) |
| Badan Pertimbangan | Prof. Dr. Ir. H. Soegandar S. (Ketua) Drs. H. Zulfikar Saibun (Anggota) Ir. H. Deddy Tjahyadi A, Dipl.HE (Anggota) |
| Badan Pemeriksa Keuangan | Dr. H. Sjamsuri Sulaeman A. (Ketua) Drs. Dasli Noerdin, M.Sc. (Anggota) Ir. H. Amir Abdullah (Anggota) |
| Badan Pengurus Harian | Drs. KH. Muchtar Adam (Ketua) Dr. H. Soemanto Imamkhasani (Wakil Ketua I) Drs. H. Hamid Balfas (Wakil Ketua II) H. A. Razak Latang (Sekretaris) Ir. Iwan Mulyawan (Wakil Sekretaris) H. Syahir Karim (Bendahara) Ir. H. Ahmad Badawi R. (Wakil Bendahara) |
| Pembantu Umum | Ir. H. Sajiboen Soedarja H. Deddy Hamzah Daradjat Drs. Munawir Rifadhi H. Encep Soerjadi H. Ishak Buchori |
